Sakura, Léon et Logan sont invités par le célèbre maître Saburo à participer à un stage d'arts martiaux. À peine arrivés, les jeunes apprentis découvrent trois anneaux magiques.
En les enfilant, ils se retrouvent projetés dans le Japon médiéval avec une mission : libérer l'esprit de trois guerriers samouraïs... Mais, sur place, ils doivent affronter un terrible ninja prêt à tout pour les arrêter.
Alors qu'Amédée apprend qu'il est gravement malade, les Espions de famille reprennent du service pour une nouvelle mission. Mais cette fois-ci, des tensions se font sentir au sein du groupe... Alex et son grand-père soupçonnent les services secrets d'agir contre l'éthique alors que Leïla est en proie à de terribles doutes quant à son avenir au sein de l'agence si elle ne reste pas fidèle à Mathilda...
Une fois de plus, les Espions de famille vont devoir se serrer les coudes s'ils veulent venir à bout de leurs ennemis !